Sequências de DNA reguladoras Orquestrar a expressão gênica específica de células específicas, facilitando a ligação ao fator de transcrição, mas seus efeitos e reprogramabilidade precisos permanecem desafiadores para delinear. Agora, em CélulaMartyn et al. Desenvolva um método chamado efeitos variantes a partir de experimentos de classificação de fluxo com telas de direcionamento do CRISPR (efeitos variantes), que mede os efeitos quantitativos das mudanças no DNA regulatório na expressão gênica em contextos endógenos sem a necessidade de engenharia genética de repórteres.
Os efeitos variantes usam a edição primária combinada para introduzir centenas de edições não codificantes em seqüências regulatórias nas células. As células são então marcadas com peixes de fluxo de RNA ou um anticorpo fluorescente direcionado a um gene de interesse e classificado com base nos níveis de fluorescência. Para demonstrar a utilidade do método, os autores realizaram telas de mutagênese de ladrilhos direcionando as regiões do promotor e/ou intensificador para dois genes envolvidos em respostas imunes (PPIF e Il2ra) nas células THP-1 e nas células T Jurkat. Isso revelou várias instâncias motivos com fortes efeitos nos níveis de expressão gênica, incluindo alguns perdidos por ensaios de repórter massivamente paralelos. Os efeitos variantes também podem dissecar os efeitos específicos do contexto dos motivos do fator de transcrição, inserindo-os entre os tipos de células. Além disso, os autores usaram dados de efeitos variantes para comparar modelos de aprendizado profundo que prevêem sinais regulatórios do gene diretamente da sequência de DNA, que revelaram limitações a esses modelos para prever tamanhos de efeito de variantes.