O genoma humano contém milhares de longos RNAs não codificantes (lncRNAs), dos quais muito poucos foram associados a uma função funcional. Embora os rastreios CRISPR direcionados ao ADN tenham identificado lncRNAs funcionais, estes rastreios sofrem de especificidade limitada, uma vez que a perturbação baseada no ADN dos loci lncRNA também pode suprimir genes codificadores de proteínas próximos e outros elementos reguladores. Escrevendo em CélulaLiang et al. superar essa limitação. Eles usam a nuclease Cas13 direcionada ao RNA para desenvolver uma tela de perturbação CRISPR em todo o transcriptoma que tem como alvo o lncRNA e identifica 778 lncRNAs com essencialidade ampla ou específica do contexto.
Os autores identificaram sistemicamente lncRNAs essenciais e avaliaram simultaneamente a essencialidade de genes codificadores de proteínas próximos. Eles construíram uma biblioteca de cerca de 75.000 RNAs guia que têm como alvo 6.199 lncRNAs e 4.390 transcritos codificadores de proteínas. A comparação do efeito no crescimento celular após a perda de lncRNAs em cinco linhas celulares humanas revelou lncRNAs essenciais compartilhados e específicos do tipo de célula. Entre os 778 lncRNAs essenciais, 61% eram específicos do tipo celular, 33% eram compartilhados em diversas linhagens celulares e 6% eram compartilhados em todas as linhagens celulares testadas. As transcrições universalmente essenciais continham vários lncRNAs que haviam sido descritos anteriormente, incluindo Com fome1 e MIR17HGbem como muitos novos lncRNAs. Curiosamente, Liang et al. mostram que a maioria dos lncRNAs essenciais atuam independentemente do gene codificador de proteína mais próximo. Mecanisticamente, eles descobriram que os lncRNAs essenciais regulam a proliferação celular e são altamente expressos in vivo durante os estágios iniciais de desenvolvimento. Além disso, os lncRNAs essenciais foram frequentemente expressos diferencialmente em tumores, o que se correlacionou com a sobrevivência. Esta abordagem sistêmica para vincular os lncRNAs às funções funcionais estabelece as bases para a avaliação adicional de transcritos não codificantes, o que pode levar a novos alvos para a terapêutica.
